[7]​[8]​ En fútbol, compite únicamente en la Unión Regional Deportiva, luego de haber disputado el Torneo Federal B y renunciar a participar del Torneo Regional Federal Amateur de 2019, la cuarta división para los equipos indirectamente afiliados a AFA.

[10]​ Rápidamente se afilió a la Liga Tandilense, donde obtuvo su primer título en 1929.

Luego de su segundo título, en 1936, debió esperar casi 50 años para ganar otro.

En 1982 ganó su tercer campeonato y se clasificó al Torneo Regional, certamen organizado por el Consejo Federal para los clubes del interior, que otorgaba plazas al Campeonato Nacional de la Primera División de la AFA.

En 1985, ganó su cuarto título en la Liga y se clasificó al último Regional, que otorgaría cupos a la Liguilla Pre-Libertadores 1986, debido a que ya no se disputaban los Nacionales.

Superó la primera etapa, quedando primero en la Zona 2 del sector sur de la Región bonaerense, pero no pudo pasar la segunda etapa, donde quedó tercero en el Grupo 2 del sector sur.

Luego eliminó en la etapa eliminatoria a Santa Teresita, Social Valense, Magdalena, y El Taladro de Las Flores.

A pesar del descenso, donde debía retornar a la Liga, fue invitado por el Consejo Federal al Torneo del Interior de 2013,[12]​ donde superó la Zona 82 al quedar segundo, pero quedó rápidamente eliminado ante Azul.

Allí superó la Zona 15 al quedar primero de manera invicta.

En las semifinales, cayó por 3 a 0 ante Villa Montoro, y quedó fuera de las finales por el ascenso.

En 2016 obtuvo un nuevo bicampeonato en la Unión Regional Deportiva y clasificó nuevamente al Federal C. En el torneo, quedó primero en la Zona 8 y accedió directamente a la segunda fase, donde venció a Embajadores de Olavarría en los penales.

El 7 de mayo se disputó en Tandil la primera final ante Costa Brava.

Se despidió del torneo el 18 de noviembre igualando por 3 a 3 ante Círculo Deportivo.

Sin embargo, Independiente terminó renunciando al torneo, y retornó a disputar exclusivamente en su liga.

En 2021, logró el subcampeonato en la Unión Regional Deportiva, quedando por detrás de Santamarina.