[3]​[4]​ Previamente a ello, Independiente Petrolero jugó en la primera división en cuatro períodos diferentes: 1972, 1975-1976, 1981-1983 y 1990-2003.

En la primera fase Independiente fue asignado al grupo B que compartió con La Bélgica, Universidad Cruceña y Stormers, logrando el segundo lugar y la clasificación a la fase final, en la que terminó en séptima posición.

Tres años más tarde el equipo volvió a clasificarse al torneo de Primera División 1975 junto a Fancesa y Policar en dónde, los 3 equipos de la capital no superaron la primera fase del torneo.

En 1976 —al igual que en 1972— volvieron a participar por Chuquisaca Independiente y Stormers en el torneo de Primera División 1976, los refineros fueron asignados al grupo B ocupando la quinta posición.

En la temporada 1981, la plantilla del equipo estaba conformada por los siguientes jugadores: Roque Segundo Escobar (Arquero), Walter Saucedo, Luis Zalazar, Alberto Terrazas, Roberto Molina, Luis Daza, Fabio Porcel, Milao, Silvio Paroddy, Dardo Ustarez, Alberto Casado y como entrenador José Justiniano.

En el torneo de Primera División 1982, Independiente ocupó la decimotercera posición y por segundo año consecutivo no pudo clasificarse a la segunda fase del torneo, logró apenas tres victorias, once empates y doce derroras.

En la temporada 1993 Inde realizó una gran campaña superando las primeras dos fases hasta alcanzar el hexagonal final.

El partido definitorio se jugó en La Paz, Independiente ganaba por 3 a 0 hasta que en el segundo tiempo la confianza le costó caro al equipo y Wilstermann lo dio vuelta 5:3, este subcampeonato le permitió clasificarse al Hexagonal final de campeonato.

En el hexagonal final Independiente se enfrentó a los mejores equipos de aquel torneo Wilstermann, The Strongest, Guabirá, Bolívar y Real Santa Cruz.

Los goles fueron convertidos por Mauro Blanco 14', Eduardo Villegas 21', Diego Goyoaga 38' y Tomás Gutiérrez 64'.

Mientras que en el campeonato local temporada 1999, el equipo obtuvo el quinto puesto del Torneo Apertura y en el clausura nuevamente alcanzó el hexagonal final pero, lastimosamente los resultados no acompañaron al equipo a pesar de recibir un enorme apoyo por parte de su afición.

El equipo tuvo que definir el descenso indirecto ante Fancesa, al cuál venció por un global de 2:0.

Unos muy malos números obtenidos por el equipo dejaron a Independiente en esa situación, en los dos torneos jugó 34 partidos, obtuvo 8 victorias, 8 empates y perdió 18 encuentros.

Finalmente la liga determinó el descenso del equipo en lugar de que se juegue un partido extra.

El himno se entona cada vez que Independiente disputa un encuentro en condición de local en el estadio Olímpico Patria.

Si bien el «Clásico Capitalino» por tradición y antigüedad es el partido que enfrenta a Junín con Stormers, este fue perdiendo notoriedad con el pasar de los años.

Entre tanto la rivalidad entre Independiente y Stormers comenzó a tomar protagonismo en la década del 90 debido a que ambos clubes representaban al departamento de Chuquisaca en la liga profesional y se enfrentaron en varias ocasiones, como resultado se creó una rivalidad marcada hasta el día de hoy.

[7]​ En los últimos años Independiente desarrolló una fuerte rivalidad con Universitario de Sucre y los partidos que disputa con este son considerados como clásicos.