Se cree que las autoridades no relacionaron muchas muertes posteriores al incendio con el incidente del Ycuá Bolaños.

Esta decisión provocó graves incidentes entre familiares de las víctimas y policías,[7]​ al considerarse que las penas eran muy bajas.

Otro dato curioso es la cantidad de jueces y magistrados que se inhibieron en esta causa, que inclusive llevó la causa a jueces del interior del país.

En el año 1997, Ycuá Bolaños pasó de ser un solo minisúper, a convertirse en una cadena de supermercados al conformarse la Sociedad Anónima entre la familia Paiva e integrantes de la empresa consultora Casaccia-Burgos Auditores, con la apertura del segundo local del Ycuá Bolaños (Multiplaza), llamándose la sociedad "Ycuá Bolaños Industrial y Comercial S.A".

Esta pequeña explosión no pasó desapercibida, aunque sólo era conocimiento de algunos empleados del local.

Según los acusados, Juan Pío Paiva y su hijo Víctor Daniel, quien aparentemente dio la orden fue el gerente Vicente Ruiz, quien era la máxima autoridad del local en ausencia de los Paiva, pero que había fallecido en el incendio.

Se comprobó que ambos no estuvieron en el local al momento del incendio.

Otras fuentes cercanas refieren a que en aquella época, el cierre de puertas en ciertos locales comerciales —en caso de apagones o incidentes—, como el del Ycuá Bolaños, era ya una orden preestablecida, para evitar saqueos.

Esto último fue lo que sostuvo el fiscal Edgar Sánchez para formular su acusación.

[11]​ Un bombero de la Segunda Compañía (Trinidad), Juan Valiente, fue el primero en llegar al lugar del incendio.

Él se encontraba de civil cuando vio la enorme humareda negra que surgió del Ycuá Bolaños.

Intentó impedir que las puertas se cerraran, pero el guardia de seguridad del local disparó con su arma de fuego al aire dos veces para que se alejara.

Por su parte, la segunda dotación trabajó arduamente por el boquete, consiguiendo rescatar a varias personas, entre ellos funcionarios del local y niños.

El bombero Eris Cabrera lo describió como un verdadero infierno y que los bomberos tuvieron que abrirse paso entre cientos de cuerpos calcinados en busca de más víctimas con vida.

Los cuerpos fueron llevados a la discoteca "Tropiclub", ubicada en frente mismo del local siniestrado, que en ese momento funcionó como morgue provisoria, para el reconocimiento de las víctimas.

Además, se podrían producir más explosiones, ya que en su interior había varias garrafas de gas y otros elementos inflamables que estaban causando nuevas explosiones y en consecuencia, más víctimas fatales.

[14]​ A pesar de todas las dificultades encontradas, se pudo rescatar y trasladar a muchas víctimas con vida en patrullas y camionetas particulares, ya que las ambulancias disponibles no daban abasto.

[16]​ A pocas horas de iniciado el incendio, las múltiples acusaciones apuntaban a que los dueños del supermercado habrían ordenado el cierre de las puertas para evitar robos, sin considerar la grave situación que se vivía.

Muchos países ofrecieron su ayuda al Gobierno de Paraguay para paliar la tragedia.

[23]​[24]​ Los primeros días posteriores al incendio, aún estaba en duda los motivos por el cual inició el incendio, por la rareza del caso puesto que no seguía aparentemente ningún parámetro convencional en este tipo de desastres, según agentes del FBI estadounidense, y agentes especiales del Departamento de Alcohol, Tabaco, Armas de Fuego y Explosivos (ATF).

[6]​ Al no contar con medidas de extracción del material altamente inflamable acumulado en el recinto, este terminó convirtiéndose en una trampa mortal.

Pese a lo anterior, la municipalidad afirma que en los planos el recinto contaba con alarma de incendio (que no se activó), extintores, rociadores, señalética y otras medidas preventivas en caso de incendio o emergencia.

Además el Ycuá Bolaños siniestrado fue habilitado sin la inspección final necesaria de autoridades municipales ni bomberos.

[28]​ En aquel entonces había grandes vacíos en el reglamento acerca de la prevención de incendios para espacios grandes como lo era el Ycuá Bolaños, puesto que la ordenanza sobre prevención de incendios databa del año 1987 —época en que aún no existían los shoppings, hipermercados ni grandes centros comerciales como sí ya existían en 2004—.

[34]​ Otros imputados —además de los Paiva— fueron los miembros del directorio María Victoria Cáceres de Paiva, Antolina Burgos de Casaccia, Agustín Alfonzo Martínez, Guillermo Alfonso Segovia, Humberto Casaccia Romagni, y los guardias Daniel Areco, Jorge Daniel Penayo Ojeda, Eder Sánchez Martinetti e Ismael Alcaraz.

Pocos días después, el Juez presenta llamativamente su renuncia al cargo.

[49]​ El 7 de septiembre del mismo año, Víctor Daniel Paiva recuperó la libertad, pero con restricciones impuestas.

[71]​[73]​[74]​[75]​[76]​ Incluso algunas víctimas, en arrebatos de rabia, expresaron que harían justicia por mano propia.

El tribunal de Sentencia estuvo conformado por los jueces Miguel Said, Mesalina Fernández y Víctor Alfieri.

[85]​[86]​ Si bien se obtuvo una condena en lo penal, con varios años de cárcel hacia los Paiva principalmente —gracias a la presión realizada por las víctimas y familiares de la tragedia—, en el ámbito civil, muchas víctimas y familiares de los mismos, perdieron sus juicios y se quedaron sin cobrar las indemnizaciones, otros llegando inclusive a perder sus bienes para poder pagar honorarios a los abogados.