En 1996, participó en el Manifiesto del crack, que formó junto a sus amigos de preparatoria Jorge Volpi y Eloy Urroz, a quienes se unirían más tarde Pedro Ángel Palou García y Ricardo Chávez Castañeda para presentar esa propuesta que acarrearía opiniones divididas entre la crítica literaria.

Sandro Cohen publicó a todos los autores del crack en la colección Nueva Imagen.

En 1999 recibió de nueva cuenta dos premios nacionales: el de Ensayo José Revueltas por Los funerales del alcaraván: historia apócrifa del realismo mágico, obra que permanece inédita, y el Premio de Cuento Gilberto Owen por Las antípodas y el siglo, relatos que serían publicados en 2001 y donde Padilla vierte su fascinación por los exploradores-descubridores ingleses.

La novela Amphitryon (2000) le valió a Padilla el muy sustancioso Premio Primavera de Novela otorgado por la editorial Espasa-Calpe, en el mismo año en que su amigo Jorge Volpi recibía el Premio Seix Barral por En busca de Klingsor.

Así, los magos, caballeros y princesas permanecen en el tedio mientras que los sapos toman el poder en República Imaginaria.

En Amphitryon, la historia se inicia con una partida de ajedrez entre dos extraños que se conocen en un tren: Tadeus y Víctor, un soldado de la Primera Guerra Mundial y un guardagujas respectivamente, que intercambian sus vidas.

Su mentira se convierte en un imprevisto remolino de imposturas y falsificaciones que lo terminará devorando.