En 1912 ingresó al Colegio Civil, donde cursó la preparatoria, y después se mudó a la ciudad de San Luis Potosí; allí realizó estudios profesionales, primero en el Instituto Científico y Literario y luego en la Escuela de Medicina, y obtuvo su título profesional en 1923.

Como titular de la secretaría el doctor Morones impulsó una campaña a nivel nacional para la erradicación del paludismo, aplicó un amplio programa para el bienestar rural, y creó tanto la Dirección General de Rehabilitación como el Centro Médico Nacional.

En 1957 Ignacio Morones Prieto fue visto como uno de los más fuertes postulantes a la presidencia de la República, junto con el Secretario de Agricultura Gilberto Flores Muñoz y el de Gobernación Ángel Carvajal Bernal, sin embargo finalmente el dedazo del presidente Ruiz Cortinez fue a favor del Secretario del Trabajo Adolfo López Mateos.

Como era común en aquellos tiempos, después de perder la candidatura a la presidencia, Morones Prieto fue nombrado, en 1959, embajador de México en Francia, donde permaneció hasta 1965, año en el que regresa a México.

En ese momento, el presidente Gustavo Díaz Ordaz lo designó para fungir como director general del Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), cargo que desempeñó hasta 1970.