Junto a ella se levanta la iglesia de las Llagas del Seráfico Padre San Francisco construida por la Orden Terciaria de San Francisco.

Todo el conjunto arquitectónico conformado por la facultad y las dos iglesias tiene un gran valor histórico para la ciudad y se ubican en el Largo de São Francisco.

[3]​[2]​ La iglesia fue modificada a partir de mediados del siglo XVIII, lo que le dio su actual forma barroca.

[2]​[4]​ A finales del siglo XIX (1880), la iglesia y el convento anexo fueron muy dañados por un incendio.

[3]​ En esa época se instaló en el altar mayor un nuevo retablo comprado en Alemania.