En el siglo XVII albergó a la Orden Franciscana y, en el siglo XVIII estuvo subordinada a la Hermandad de Nuestra Señora del Rosario de los Hombres Blancos..[3]​ Sufrió diversas reformas e intervenciones a lo largo de los últimos cuatro siglos, sobre todo en su fachada, reinaugurada en estilo ecléctico en 1919.

[4]​ El interior de la iglesia de Santo Antônio conserva importantes testimonios del arte producido en São Paulo durante el periodo colonial.

Durante la restauración llevada a cabo en el 2005, se descubrió en el forro del altar mayor pinturas murales seiscentistas de alta calidad técnica y artística, las más antiguas que se conocen en São Paulo.

También el altar principal, realizado en 1780, es un bello ejemplar de talla barroca.

[5]​ La iglesia esta declarada como patrimonio por el gobierno estadual (Condephaat) desde 1970, en virtud de su importancia histórica, artística y arquitectónica.