Salvo algunos breves viajes, Nicolás vivió en Japón hasta la guerra ruso-japonesa de 1904-1905.

Durante este período sus misiones apostólicas extendieron la ortodoxia oriental a escala nacional, siendo designado como el primer obispo de la Iglesia ortodoxa japonesa.

Después de la rendición japonesa, la ocupación Aliada tenía una actitud generosa hacia el cristianismo, considerando su composición predominantemente americana.

Durante la guerra, la Iglesia Ortodoxa Japonesa no tenía casi ningún contacto extranjero.

En el año 2000 la Iglesia ortodoxa rusa canonizó al obispo Andronic Nikolsky como santo y mártir, puesto que tras ser designado como primer obispo de Kioto, fue más tarde muerto como arzobispo de Perm durante la Revolución rusa.