Se construyó su primera iglesia, la de la Santa Cruz, para los pocos cristianos que llegaron, en el siglo XII, a las afueras del casco urbano, pues Serón seguiría teniendo mezquita para sus habitantes civiles, que aún no marcharían o convertirían (en el lugar que ocupa hoy la iglesia de Nuestra Señora del Mercado).
También hay otra ermita con título de la Cruz que antes fue parroquia, y no la vio S. Y. por hallarse abandonada y ruinosa la cual mandó demoler y sus materiales los agrega a la iglesia de Santa María con la obligación de cederlos a favor del pueblo cuando sea necesario para cerrar la Capilla Mayor o a lo menos un cementerio o humilladero, colocando una cruz lo más decentemente que pueda ser en el lugar en que estuvo el Tabernáculo».
Posteriormente la iglesia pasó a ser parroquia, cuando el recinto dejó de ser habitado por monjes, y después se utilizó como cementerio.
Se conservan restos de la capilla restaurada que corresponde con el ábside.
Como es habitual, la luz en planta del presbiterio y ábside es ligeramente mayor a la de la nave, dando lugar al típico escalonamiento.