Desde 1972 el inmueble forma parte de la Zona Monumental del Cusco declarada como Monumento Histórico del Perú.

[1]​ Asimismo, en 1983 al ser parte del casco histórico de la ciudad del Cusco, forma parte de la zona central declarada por la UNESCO como Patrimonio Cultural de la Humanidad.

La iglesia, por su parte, cuenta con tres altares en su capilla mayor, antiguamente separada de la nave por una reja de madera, y un coro alto en el que estaba situada una sencilla sillería de cedro[8]​.

El terremoto de 1650 afectó seriamente el templo.

Por el contrario, el terremoto de 1950 generó pocos daños en el edificio.