Originalmente era conocida como iglesia de la Asunción y era el templo de la localidad de El Atance, hasta que fue trasladado piedra a piedra a Guadalajara cuando fue construido el embalse de El Atance que anegó su ubicación original.
La iglesia mezcla los estilos gótico renacentista del siglo XVI.
El pueblo de El Atance se encontraba en la confluencia entre el río Salado y el arroyo de la Hoz, en el término municipal de Sigüenza.
La construcción del pantano de El Atance por la Confederación Hidrográfica del Tajo se inició en 1996.
En octubre se iniciaron las obras de reedificación en Guadalajara, que se prolongaron hasta marzo de 2005, con un coste final cercano a los 2,5 millones de euros.