Se divide en tres tramos separados por grandes arcos fajones apuntados, contrarrestados por cuatro poderosos contrafuertes al exterior.

La cabecera, continuada por Andrés de Vandelvira, está cubierta por una bóveda gótica estrellada, cuyos miembros descansan en baquetones y ménsulas.

Esta bóveda presenta decoración pictórica renacentista, con motivos geométricos, así como tondos con las efigies de las Virtudes, que representan la Sabiduría, Templanza, Justicia, Fortaleza, Esperanza, Caridad, Prudencia, Silencio y Largueza.

El retablo, de planta lineal, que no se amolda a la cabecera, está compuesto por un banco con zócalo de piedra, dos cuerpos y tres calles, la central más ancha que las laterales, y ático.

Las calles quedan separadas por cuatro columnas compuestas que apoyan en basamentos con motivos eucarísticos.

Las calles laterales quedan definidas por pilastras compuestas, cuyo fuste se ornamenta con motivos de tradición manierista, grutescos, máscaras y cintas.

El entablamento que corona este altarretablo se remata por hornacina adintelada con venera sobre la cornisa; acoge en alto relieve un calvario flanqueado por ángeles.

Colaterales a la hornacina, se aprecian composiciones piramidales centradas por tondos con la cruz de Calatrava en su interior y pináculos bulbosos.

El vano central queda enmarcado por pilastras dobles cuyos capiteles presentan decoración de ovas y flechas.

A los pies de la nave central se encuentra el coro, realizado a mediados del siglo XX, formado en la parte superior por arco de medio punto, y en la inferior por arco escarzano rebajado flanqueado por sendas pilastras, bajo el cual se encuentra la pila bautismal, que data del siglo XVI, realizada en mármol.

En las enjutas de los arcos aparecen los escudos episcopales del cardenal Merino, quedando flanqueados por columnas abalaustradas sobre basamentos y capiteles.

En la cara oeste, se sitúa un escudo laureado del prelado jiennense Esteban Gabriel Merino y, sobre este cuerpo, ventana abocinada de medio punto.

La torre, situada en la fachada norte, es de la primera mitad del siglo XIX, organizada en dos cuerpos.