Poco después, hacia 1562, otro gran arquitecto Hernán Ruiz II se hace cargo de las mismas, levantándose la Sacristía, el presbiterio, y el primer tramo del edificio.
El primer tramo presenta al exterior un podio de granito sobre el que se asienta el muro perimetral del templo.
En la nave central, el tramo anterior al presbiterio se cubre con bóveda hemisférica dividida por nervios radiales y concéntricos en cuyas intersecciones surgen espacios cuadrangulares y circulares donde se insertan relieves con motivos de la Virgen, profetas y apóstoles.
La del segundo tramo presenta sección semiesférica sobre pechinas con nervios radiales y concéntricos decorada con mosaicos de azulejos.
Por su parte, las bóvedas de las naves laterales también cuentan con interesantes diseños y decoraciones.