Esta iglesia se situaba entre el convento de Santa Clara y Nuestra Señora del Espino, contiguo al convento.
Esta era la iglesia donde se congregaba la ciudad en caso de peste, al menos durante el siglo XV, aunque ya a finales del siglo XIV se había agregado a San Juan de Rabanera.
Vuelve a arreglarse en 1544 y en 1575 la Compañía de Jesús solicita que les sea concedida para celebrar culto mientras ellos consiguen su propia iglesia, pues entonces San Sebastián estaba cerrada y sólo se celebraba culto una vez al año.
Una nueva peste en 1599 hace plantearse a la ciudad otra vez el adecentamiento del edificio, pero la situación del mismo debía ser tal y el coste tan elevado que se opta por trasladar las rogativas a San Roque, con misa y procesión en la Iglesia del Salvador.
No se sabe nada sobre el tamaño de esta iglesia pero se cree que era una pequeña iglesia, como casi todas las parroquias que aparecían en el censo de Alfonso X elaborado en 1270 y de estilo románico.