Fue construida entre 1597 y 1619 por Giovanni Maria Bernardoni, según diseño de Józef Britius.
Destacan las estatuas que representan a las 12 apóstoles situadas delante de la fachada principal, y la decoración con estucos del ábside, obra de Giovanni Battista Falconi (1633).
La obra recibió un decidido impulso del rey Segismundo III Vasa que la financió.
La construcción se inició en 1597 por iniciativa de Piotr Skarga, religioso jesuita cuyo sepulcro se encuentra en la cripta de la iglesia, y al que está dedicado un monumento en la plaza situada frente a la fachada.
Actualmente las estatuas originales del siglo XVIII, muy dañadas por la lluvia ácida, han sido sustituidas por copias contemporáneas en el mismo material de Kazimierz Jęczmyk.