Fue construida entre 1704-1755 en el solar donde antiguamente se levantaba una iglesia gótica del siglo XIII, también dedicada a San Nicolás .
[3] En la segunda mitad del siglo XVII los jesuitas decidieron construir una nueva iglesia diseñada por Giovanni Domenico Orsi.
La antigua San Nicolás fue demolida y en 1673 se colocó la primera piedra de la nueva iglesia.
Donó todo su patrimonio para la construcción de la iglesia y los edificios adyacentes en Praga, en Malá Strana.
La masiva nave con capillas laterales y una bóveda ondulada basada en un sistema de elipsoides que se cruzan fue aparentemente construida por Christoph Dientzenhofer.
El campanario, con una gran vista panorámica, fue a diferencia de la iglesia completado en formas rococó en 1751-1756 por Anselmo Lurago.