En 1635, el visitador arzobispal dio licencia para la construcción del retablo mayor así como a la estatua exenta de San Millán.

El retablo, organizado en tres calles, consta de banco, dos cuerpos y remate.

El coro está realizado en madera labrada decorada con motivos geométricos y data de mediados del siglo XVII.

La barandilla está dividida en tres tramos por cuatro columnas jónicas y presenta balaustres torneados de dos tipos.

En el cuerpo inferior se sitúan 18 canecillos decorados con una soga que los divide en dos partes simétricas decorados en el pasado con cuadrados pintados de negro y, en su parte inferior, unos dientes de sierra del mismo color.

En la actualidad se pueden distinguir tanto los cuadrados como los dientes pero el coro ha perdido todo tipo de color.

La viga que divide el alfarje en dos se decora en tres de sus caras con motivos geométricos incisos entre los que predominan las medias lunas, los óvalos con flores tetralobuladas y las redes de rombos, estas decoraciones parecen estar dispuestas sin ningún orden aparente.

En el papo o parte inferior de esta viga se distribuyen varios pivotes verticales sobresalientes y también con motivos geométricos incisos.