Puede ser que se produjera un traslado del culto en época temprana cuando la zona este de la ciudad fue destruida por un incendio en el siglo XIV, desplazándose la parroquia hacia el oeste.
Cuando en 1557 se anexionó ésta a San Pedro, pasaron las imágenes a la Colegiata, destinándose entonces una capilla en este templo (la del Santo Cristo) para albergar la imagen de la Virgen de San Millán, construyéndose el retablo barroco del siglo XVII de grandes dimensiones realizado para la veneración de la imagen.
La capilla pasó a denominarse como Capilla de San Saturio cuando se decidió trasladar la imagen titular a otra ubicación.
Nuestra Señora de San Millan fue una imagen muy venerada en esta iglesia ya que tres de las siete campanas del campanario están dedicadas a esta Virgen.
Era una pequeña y simple iglesia, como casi todas las parroquias que aparecían en el censo de Alfonso X elaborado en 1270 y de estilo románico.