Asimismo mandaban que los altares dedicados a San Juan Bautista y a Nuestra Señora de la Salud no pudiesen ser cambiados de lugar.
El altar mayor no tenía retablo, mientras que la nave tenía cuatro, destacando el altar de la Santísma Trinidad, donde radicaba la Hermandad del rosario de dicho nombre.
Actualmente se conserva la capilla mayor y en el lugar de la nave hay una bodega.
Según Velázquez-Gaztelu los expósitos no tuvieron en Sanlúcar casa que les acogiera hasta que llegaron los religiosos del Espíritu Santo, desconociéndose la fecha de su llegada.
Por ello Velázquez-Gaztelu conjetura que debieron establecerse en Sanlúcar en los últimos años de la vida del VIII duque de Medina Sidonia, que murió en 1636.