Levantada en varios períodos contó como maestro mayor o arquitecto a Hernán Ruiz el Viejo (1508-1547), a la muerte de este insigne arquitecto la obra quedó inconclusa y parece que no se reanudó hasta el año 1559 en que fue encomendada a Hernán Ruiz el Mozo quien dirigió las obras hasta su muerte en 1568.A finales de 1799 un fuerte huracán destruyó las obras del capitel, y su reparación la realizó el maestro arquitecto Andrés Muñoz en 1801.La portada principal, mezcla de estilos romano y plateresco, costa de dos cuerpos apilastrados en el fondo, ante los cuales avanza lateralmente el entablamiento, sostenido por columnas estriadas y capiteles corintios.Entre 1714 y 1791 se sustituyó por un nuevo retablo de estilo barroco con columnas salomónicas adornadas.La hornacina central acogía una imagen de María Auxiliadora, colocada hacia 1934.También se perdieron imágenes, retablos, las campanas originales y el archivo que databa del siglo XV.Se picó la piedra exterior que estaba encalada quedando un aspecto similar al primitivo del siglo XVI y se colocó en la hornacina de la portada principal, un relieve berninesco de San Juan Bautista, realizado en Olot en piedra artificial.