Fue construida entre los siglos XVI y XVIII en el denominado estilo barroco mestizo.

En la iglesia de San Francisco se hallan enterrados los restos del prócer de la revolución Pedro Domingo Murillo[5]​ La arquitectura del templo corresponde al denominado Barroco Mestizo o Barroco andino, la planta es de cruz latina y la cubierta es abovedada.

Posee un amplio atrio que actualmente se integra con los espacios públicos adyacentes conformando la Plaza Mayor de la ciudad.

La fachada de tres cuerpos se halla profusamente ornamentada en columnas, basamentos y hornacinas, todos ellos construidos en piedra labrada.

El cuerpo central se halla coronado por un escudo barroco mestizo de la Orden Franciscana, representando los característicos símbolos franciscanos con matices sincréticos como las representaciones de la fauna y flora local.