La Iglesia de San Carlos Borromeo es un templo católico ubicado en la localidad de San Carlos, Salta, en el norte de Argentina.

Fue construida entre 1801 y 1854, principalmente para alojar a la imagen de San Carlos Borromeo, patrón de la ciudad.

Es la iglesia de mayor tamaño de los Valles Calchaquíes, la única que posee crucero y cúpula de esa región y está construida en su mayor parte con adobe.

En 1719 Fernando de Lisperguer y Aguirre edificó una capilla en su hacienda de San Carlos para alojar a la imagen de San Carlos Borromeo.

Los temblores ocurridos en 1930 provocaron la caída del techo original, que fue remplazado por cabriadas y chapas de zinc.