Las naves terminan en la cabecera en sendas capillas, comunicadas entre sí por grandes arcos ojivales y cubiertas por bóvedas estrelladas, especialmente rica de nervaduras la de la capilla mayor.
A los pies de la nave central se encuentra la sillería del Coro Bajo, que solo conserva la parte frontal, aunque poseía también sus dos laterales, y coro alto, sobre lo que fue el vestíbulo de la entrada principal del templo, hoy tapiada, y que ahora sirve de almacén.
El retablo estaba presidido por una imagen de San Andrés, hoy desaparecida.
En los baquetones que separan las calles se sitúan ménsulas sobre las que se asientan seis pequeñas esculturas polícromas, que representan a otros tantos santos apóstoles, realizadas en madera, a excepción de dos hechas en escayola e incorporadas en época reciente al retablo.Solo aparece firmada la tabla de la Adoración de los Magos, por el pintor Pedro Romana.
El banco del retablo, realizado en madera dorada, no es original, sino un añadido que data de cuando fue trasladado a su emplazamiento actual.
Muy importante es la Capilla del Sagrario (antes dedicada a la Virgen de la Fuensanta, patrona de la localidad, cuya antigua y extinta cofradía la construyó), del tercer cuarto del siglo XVIII, en estilo barroco, que por sus grandes dimensiones constituye una iglesia completa en sí misma, con su nave de tres tramos articuladas por pilastras entre las que se disponen altares y capillas, crucero cubierto por cúpula, camarín (que actualmente preside Nuestro Padre Jesús Nazareno) tras el retablo mayor, sacristía, etc. A ella se abre la Capilla de Ánimas, de mayor tamaño que las que dan al cuerpo de la Iglesia, que también posee tres tramos y sacristía propia.
Solo el retablo mayor y los dos gemelos del crucero, los tres barrocos, además del retablo principal de la Capilla de Ánimas, de estilo neoclásico con rocallas, son los antiguos que se conservan, pues los demás, algunos muy valiosos, fueron destruidos o sustraídos durante la Guerra Civil.
La capilla más próxima al presbiterio, que estuvo dedicada a San Andrés, se fecha en los primeros años del siglo XVI (1504).
Se accede a ella por un vano de arco apuntado cerrado con reja gótica, que hasta la Guerra Civil estuvo coronada por un interesante calvario gótico, y en su interior, de planta cuadrada cubierta con bóveda de terceletes que arrancan de ménsulas con cardina, hay varios elementos a destacar como un rosetón gótico y los azulejos sevillanos del XVI que revisten la mesa del altar sobre el que estuvo situado el retablo de San Andrés que hoy preside el templo.
Después está la antigua Capilla de san Ildefonso, hoy dedicada a la Virgen del Carmen.
Por dentro aún se puede ver la fachada gótico-plateresca que antiguamente daba al exterior.
Aunque los problemas fundamentales estaban en la cubiertas, se hizo un proyecto global para subsanar todos los problemas crónicos que padecía la Parroquia de San Bartolomé, pues al igual que las cubiertas, muchos de ellos venían de la restauración con prisas y pocos medios que se hizo tras la Guerra Civil y otras actuaciones posteriores.
Dado el gran tamaño del templo y lo ambicioso del proyecto de restauración global, el presupuesto se hacía totalmente inviable y las circunstancias económicas de la época, además de poco interés por las instituciones políticas, provocaron replantearlo a lo estrictamente urgente y necesario para evitar su ruina y que pudiera reabrirse al culto de forma óptima.
Actualmente, la feligresía de la Parroquia y las Cofradías siguen pagando el préstamo que se debe.