La primera iglesia dedicada a São Sebastião se construyó en 1567 y tuvo poca vida.
[2] La actual iglesia empezó a ser construida en el morro do Castelo en 1568 bajo el gobierno de Salvador Correia de Sá sin embargo se interrumpió cuando éste dejó el cargo reasumiéndose a su retorno al mismo en 1578 y concluyendo en 1583.
A pesar de tener presencia en Brasil desde el siglo XVIII, no contaban con un lugar dónde establecerse definitivamente.
En 1739 se trasladaron a una casa frente al Hospicio de Jerusalén y Nuestra Señora del Olivo, donde permanecieron 68 años.
[2] Tras la demolición, los frailes capuchinos se mudaron a la actual iglesia en el barrio de Tijuca.