Hacia 1650 en el Valle de San José existió una ermita edificada en bahareque; la primera de que se tenga referencias en aquel lugar cercano a la quebrada Cimarronas.
Para 1750 se edificó un templo en tapia en terrenos legados por Diego Muñoz de Bonilla en 1690.
En 1752 se erigió en Parroquia y fue su primer párroco Fabián Sebastián Jiménez Duque de Estrada.
En 1785 el templo fue agraciado por un breve de su Santidad Pío VI por el cual era posible recibir un jubileo para quienes lo visitaran.
En 1874, sobre los muros de este templo y aprovechando la estadía en Antioquia del arquitecto italiano Felipe Crosti, se reformó la iglesia.