Gracias a la calidad del proyecto de Francisco de Arruda fue posible construir un gran edificio con una torre como fachada, muy adecuada a una ciudad rayana.La decoración interior tiene sirenas con la cruz de Cristo y una esfera armilar, monstruos alados, dragones y el profeta Daniel a salvo de los leones.La sacristía está decorada mediante azulejería que muestra los escudos episcopales.[6] Durante los siglos XVII y XVIII se realizaron diversas obras en su interior que tiene dos estilos diferentes: el manuelino como son las puertas laterales y los techos, y el barroco de cuyo estilo son las capillas laterales, la capilla mayor, la azulejería y el órgano, gran pieza en talla dorada atribuida al maestro italiano Pascoal Caetano Oldovini que fue realizada en 1762.[7] En la pared de acceso al templo hay una inscripción labrada en piedra con el siguiente texto:
Retablo principal.
Detalle de la bóveda sobre el presbiterio.
Pórtico lateral manuelino de la antigua Sé de Elvas