Gracias a la calidad del proyecto de Francisco de Arruda fue posible construir un gran edificio con una torre como fachada, muy adecuada a una ciudad rayana.

La decoración interior tiene sirenas con la cruz de Cristo y una esfera armilar, monstruos alados, dragones y el profeta Daniel a salvo de los leones.

La sacristía está decorada mediante azulejería que muestra los escudos episcopales.

[6]​ Durante los siglos XVII y XVIII se realizaron diversas obras en su interior que tiene dos estilos diferentes: el manuelino como son las puertas laterales y los techos, y el barroco de cuyo estilo son las capillas laterales, la capilla mayor, la azulejería y el órgano, gran pieza en talla dorada atribuida al maestro italiano Pascoal Caetano Oldovini que fue realizada en 1762.

[7]​ En la pared de acceso al templo hay una inscripción labrada en piedra con el siguiente texto: