La cabecera lindaba con la actual calle de Panaderos, donde estuvo colocado un retablo encargado a Pedro de la Cuadra que presentaba al santo titular en la hornacina central, cuatro santos dominicos a los lados, un banco con relieves y en el ático un calvario flanqueado por dos altorrelieves que representaban la prisión y el martirio de San Juan Bautista.

El convento fue adquirido en 1944 por la orden de los Capuchinos, que comenzaron a sufrir problemas originados por el alisamiento y elevación del terreno para construir en la plaza el popular mercado del Campillo, lo que unido a la mala calidad constructiva alentó a que pensaran en derribar el edificio y construir sobre el terreno un nuevo centro religioso y bloques de viviendas anexos.

El derribo del convento e iglesia primitivos se hizo efectivo en 1961 y su patrimonio desperdigado.

Éste fue encomendado ese mismo año al arquitecto vizcaíno Pedro Ispizua Susunaga, que planteó una espaciosa iglesia con aspecto de auditorio, con planta de trazado trapezoidal y abovedada con el tipo de arcos parabólicos que tanto utilizara Antonio Gaudí con función estructural y ornamental.

La colosal fachada, abierta a la Plaza de España y articulada igualmente con grandes arcos parabólicos que alcanzan los cuarenta metros de altura, así como una cripta, salón de actos, una biblioteca en la tercera planta, una capilla en la quinta y dependencias funcionales que llegan hasta la calle Divina Pastora, todas ellas terminadas en 1963.