La iglesia alcanzó su máximo esplendor en el siglo XVII, cuando Fray Alonso de Santo Tomás engrandeció y embelleció el convento.En los alrededores existían grandes casas con los portales decorados con azulejos nobles que han desaparecido.La iglesia, arquitectónicamente, divide su espacio interior en tres naves separadas por arcos de medio punto sobre pilares cruciformes, con pilastras corintias cajeadas, que sostienen un doble entablamento, recorrido por un friso compuesto por canecillos con decoración de hojarasca.La nave central se cubre con bóveda de medio cañón rebajada, dividida por cuatro arcos fajones y dos nervios perpendiculares, que forman una retícula en donde encajan medallones en la parte central y lunetos recortados con molduras mixtilíneas en las laterales.Es de planta cuadrangular y se cubre con una cúpula semiesférica sobre pechinas.Las naves laterales se estructuran en tramos cuadrangulares entre arcos fajones doblados, cubiertos por bóvedas semiesféricas sobre pechinas, conservándose algunos restos de la decoración primitiva.La capilla del Rosario presenta planta rectangular con cubierta de tejas a un agua.
