Aunque el rito bizantino fue usado en muchas de sus iglesias, Albania fue parte del patriarcado de Roma hasta 731, cuando el emperador bizantino León III el Isáurico, en represalia por la oposición del papa Gregorio III a la política iconoclasta del emperador, anexó el Ilírico oriental al Patriarcado de Constantinopla.
Luego, en 1054 se produjo el cisma que dividió a la Iglesia entre católica y ortodoxa.
La Iglesia sufrió durante la Segunda Guerra Mundial y en el período comunista que siguió, especialmente después de 1967, cuando Albania fue declarada un estado ateo y no se permitió ninguna expresión pública o privada de la religión.
Tiene 909 parroquias repartidas por toda Albania y alrededor de 500 000 a 550 000 fieles.
Al final del congreso se aprobó el primer estatuto de la iglesia.