Su sede está en Dessau-Roßlau en Sajonia-Anhalt, en el antiguo ducado de Anhalt.
Pero en 1606 el principado se convirtió a la confesión reformada, de modo que después de la división del país hubo inicialmente cuatro iglesias regionales reformadas.
En los otros sub-principados, a los residentes luteranos inmigrantes se les permitió practicar libremente su religión y construir sus propias iglesias a finales del siglo XVII.
Cuando se fundó la Confederación Germánica en 1815, había tres estados soberanos de Anhalt: Anhalt-Bernburg, Anhalt-Dessau y Anhalt-Köthen; estos se unieron en 1863 para formar el Ducado de Anhalt.
Sin embargo, desde la reunificación de los estados de Anhalt en 1863 hubo una iglesia regional unificada, a la que se le dio una base sinodal entre 1875 y 1878.