Las oficinas eclesiásticas que administran la federación se encuentran en Herrenhausen, Baja Sajonia.

Cuando Adolf Hitler llegó al poder en 1933, su administración trató de reorganizar la antigua confederación en una Iglesia Evangélica Alemana unificada, ya que Hitler quería usar una sola iglesia protestante para promover sus propias ambiciones.

Esto fracasó completamente por la pugna entre la disidente Iglesia Confesante y los Cristianos Alemanes, estos últimos dirigidos por la Reichskirche.

En 1991, tras la reunificación alemana, las iglesias de la Alemania Oriental se reincorporaron a la EKD.

En cuanto al gobierno de la iglesia, las iglesias luteranas practican una política típicamente episcopal, mientras que las reformadas y las unidas son una mezcla de políticas presbiterianas y congregacionalistas.

También son miembros los antiguos Presidentes Federales Horst Köhler y Joachim Gauck, así como la Canciller Angela Merkel.

Esto cambió un poco con la creciente libertad religiosa en el siglo XIX, especialmente en los estados republicanos de Bremen, Fráncfort (1857), Lübeck y Hamburgo (1860).

Durante la Revolución, cuando los antiguos gobiernos eclesiásticos perdieron el poder, se formó la Unión de Iglesias del Pueblo Volkskirchenbund) y abogó por la unificación sin respetar la tradición teológica y aumentando también la participación de los laicos.

Tuvieron mucha influencia sobre las decisiones del primer Sínodo Nacional a través de su partidismo inequívoco en respaldar con éxito a Ludwig Müller) para el cargo de obispo del Reich.

Si bien los miembros ya no son iglesias estatales, gozan de protección constitucional como corporaciones estaduales, y todavía se llaman Landeskirchen, y algunos tienen este término en sus nombres oficiales.

Sin embargo, una traducción moderna al español sería "iglesia regional".

Los cuerpos eclesiásticos protestantes regionales se aceptan entre sí como iguales, a pesar de las diferencias denominacionales.

Esto se debe al pleno compañerismo en el púlpito y el altar entre todas las iglesias miembros de EKD.

Los miembros sirven términos de seis años y el sínodo se reúne anualmente.

Tiene sucursales separadas a nivel internacional, la organización en Austria todavía se llama Gustav-Adolf-Verein.

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A excepción de la Frisia oriental, solo hay una iglesia regional para cada territorio: Estos cuerpos se denominan Landeskirchen ("Iglesias regionales") aunque en la mayoría de los casos, sus territorios no corresponden a los actuales estados federales, sino a los antiguos ducados, electorados y provincias o fusiones de los mismos.

La Iglesia morava y la Federación de Congregaciones Evangélicas Reformadas son miembros asociados.