Originalmente, se escribía usando el alfabeto griego; en 1957 se introdujo la escritura en alfabeto cirílico y hoy se usa el alfabeto latino, siguiendo el modelo del turco.

El primer alfabeto para usarse en el idioma fue el griego,[3]​ instaurado en el siglo XIX.

Por ejemplo, el orientalista Otto Blau afirma que las obras de Euripides se habían traducido al gagaúzo y se habían escrito con letras griegas.

Actualmente el gagaúzo usa el alfabeto latino, siguiendo el modelo del alfabeto turco moderno, con la adición de tres letras: {{ä}} para representar el sonido de {{æ}} (como {{ə}} en azerí), ê para representar el sonido de {{ə}} (schwa), que no existe en el turco, y {{ț}} para representar el sonido de {{ts}} como en rumano.

Por otro lado, el gagaúzo carece de la letra turca {{ğ}}, que se había convertido en silencio en el idioma gagaúzo.