Cuando el presidente Maïnassara fue derrocado y asesinado en abril de 1999, Mayaki fue reelegido por Daouda Malam Wanké, el líder del golpe, para dirigir el país durante la transición a nuevas elecciones.

Mayaki interpretó que eso significaba que querían discutir la venta de óxido de uranio, un recurso natural de Níger, aunque al reunirse con la delegación, el tema del uranio nunca surgió.

Desde 2009, Mayaki ha dirigido la Nueva Alianza para el Desarrollo de África (NEPAD), un organismo de la Unión Africana ubicado en Midrand, Sudáfrica.

[4]​ Más tarde ese mismo año, fue nombrado por el Secretario General de las Naciones Unidas, Ban Ki-moon, para servir como miembro del Grupo de Liderazgo del Movimiento Scaling Up Nutrition.

[6]​ Además de varios artículos académicos, publicó La Caravane Passe (París, Odilon Média, 1999, 210 p.ISBN 2-84213-029-4), un libro que relata su experiencia política.