Sus actualizaciones incluyen un sensor Touch ID compatible con Apple Pay,[3]​ diferentes tamaños de almacenamiento y, como el color anterior, dorado.

Tiene varias aplicaciones integradas que incluyen Cámara, Fotos, Mensajes, FaceTime, Correo, Música, Safari, Mapas, Siri, Calendario, iTunes Store, App Store, Notas, Contactos, iBooks, Game Center, Recordatorios, Reloj, Videos, Kiosco, Photo Booth y Podcasts.

Apple App Store es una plataforma de distribución de aplicaciones para el sistema operativo iOS que permite a los usuarios buscar y descargar aplicaciones creadas por varios desarrolladores desde iTunes Store.

[4]​ El iPad Mini 3 puede usar iTunes para sincronizar contenido y otros datos con su Mac o PC.

El iPad Mini 3 incluye una versión de Apple Pay que elimina la función NFC integrada.

Apple afirma que el software se adapta con el tiempo a las preferencias individuales del usuario y ajusta los resultados.

Se dice que el iPad Mini 2 es una mejor oferta a $ 100 menos, con la misma pantalla y componentes internos.