Fue creado mediante Ley N.º 28495, durante el gobierno de Alejandro Toledo Manrique.
Poco después del inicio del gobierno, Toledo creó la Comisión Nacional de Pueblos Andinos, Amazónicos y Afroperuanos (Conapa), el 5 de octubre de 2001, como un organismo gubernamental que, según sus propios estatutos, debería propiciar el desarrollo y la integración de los pueblos en extrema pobreza.
En esta comisión, se nombró a la entonces primera dama Eliane Karp como presidenta honoraria.
La agencia tuvo la intención de establecer una agenda de desarrollo para las comunidades indígenas, proporcionar una representación de los intereses indígenas en el gobierno, y abrir el camino para rescatar la multiculturalidad y hacer reformas constitucionales.
La comisión también absorbió la antigua SETAI (Oficina de Asuntos Indígenas).