Jeanne se fortaleció aún más en el este del mar Caribe, convirtiéndose en una fuerte tormenta tropical y desarrollando un ojo antes de golpear a Puerto Rico el 15 de septiembre.

Su circulación original se disipó como una nueva reformada más cerca del área principal de tormentas eléctricas.

Lluvias intensas también ocurrieron durante su desembarco en Puerto Rico y Florida, lo que provocó inundaciones en los ríos.

[2]​ El sistema inicialmente no mostró signos de desarrollo,[3]​ con aire desfavorablemente seco que persiste en toda la región.

[10]​ Al convertirse por primera vez en un ciclón tropical, la depresión se localizó al sur de la cresta subtropical, dando como resultado un camino oeste-noroeste que trajo el centro sobre Guadalupe.

La circulación fue inicialmente amplia,[11]​ y el aire seco arrastró temporalmente al cuadrante noroeste de la tormenta.

Sin embargo, las condiciones ambientales fueron lo suficientemente favorables para un mayor desarrollo, con un canal de profundización hacia el oeste que proporciona un flujo beneficioso.

[12]​ Al cruzar las Antillas Menores, la tormenta trajo fuertes lluvias locales, con un total de 12 pulgadas (305 mm) reportadas en Guadalupe.

[14]​ El debilitamiento temporal se debió a una mayor cizalla y aire seco.

Las precipitaciones en toda la región provocaron inundaciones moderadas a severas en los ríos, con varias estaciones fluviales en Puerto Rico que informaron niveles históricos.

La tormenta tropical Jeanne permaneció sobre Puerto Rico durante aproximadamente ocho horas, durante las cuales mantuvo su característica ocular y núcleo interno bien definido de convección.

Para entonces, la circulación de nivel medio asociada con el huracán Iván se había combinado con un valle para debilitar la cresta situada al oeste del Océano Atlántico; esto hizo que Jeanne siguiera hacia el norte a través de las Islas Turcas y Caicos.

A medida que avanzaba hacia el norte, la tormenta no logró organizarse al principio, debido a la influencia de un nivel bajo bajo hacia el sur.

La circulación se hizo amplia y alargada, así como también eliminada de la convección más profunda.

A principios del 24 de septiembre, los vientos habían disminuido a 80 mph (130 km/h); su convección se debilitó en intensidad,[29]​ y la pared del ojo erosionada debido al arrastre de aire seco.

[37]​ La lluvia causó inundaciones de agua dulce, así como un aumento en los niveles a lo largo del río St.

A principios del 27 de septiembre, el aire seco se vio arrastrado a la periferia sur de la circulación, lo que disminuyó las tormentas eléctricas hacia el sur.

Un frente frío en la región causó que la depresión se acelere hacia el noreste, combinando la humedad del Golfo de México con aire fresco y estable sobre las Carolinas.

Esta combinación produjo severas tormentas eléctricas en toda la región,[41]​ generando seis tornados en Georgia,[42]​ ocho en Carolina del Sur y ocho en Carolina del Norte.

Más tarde en la mañana, se emitieron advertencias de tormentas tropicales para San Cristóbal y Nieves, mientras que se emitieron avisos de tormentas tropicales para Anguila.

Puerto Rico fue cerrado por el gobierno de Sila María Calderón mientras se aproximaba la tormenta para evitar electrocuciones y daños a la infraestructura.

Esa noche, las advertencias de huracán se extendieron hacia el oeste desde Cabrera a Puerto Plata mientras se emitían avisos de huracanes y tormentas tropicales desde Puerto Plata a Monte Cristi.

Alrededor de las 09:00 UTC del día siguiente, se envió una advertencia de huracán a las islas Ábaco, Andros, Berry, Bimini, Eleuthera, Gran Bahama y New Providence, mientras que una alerta de tormentas tropicales se emitió simultáneamente para Cat Island, Exumas, Long Island, Rum Cay y San Salvador.

Temprano al día siguiente, la advertencia de huracán se redujo a una advertencia de tormenta tropical para las Islas Ábaco, Berry Islands, Bimini y Gran Bahama, mientras que la parte restante - Isla de Andros, Eleuthera y New Providence– se suspendió.

Se abrieron refugios en las iglesias y escuelas de las islas Ábaco, Eleuthera, Grand Bahama.