En esta última se doctoró en astronomía en 1872, siendo alumno de Karl Christian Bruhns.

En 1874 comandó la expedición alemana a las islas Auckland para observar el tránsito de Venus.

En 1881 fue nombrado director del Observatorio de Gotha y en 1882, profesor de astronomía y director del Observatorio en la Universidad de Múnich, cargos que mantuvo hasta su muerte.

Entre sus alumnos se cuentan Hans Kienle, Ernst Anding, Julius Bauschinger, Paul ten Bruggencate, Gustav Herglotz, Richard Schorr y especialmente Karl Schwarzschild, cuyo doctorado obtenido en 1898 dirigió.

Schwarzschild reconoció la influencia de Seeliger en distintos discursos y conferencias durante toda su carrera.