Es conocido del holotipo MCCM-LH 84, un esqueleto casi completo y articulado incluyendo el cráneo.
Fue originalmente nombrada por Adán Pérez-García, Marcelo S. de la Fuente and Francisco Ortega en el año de 2012 y la especie tipo es Hoyasemys jimenezi.
El nombre genérico se deriva de la palabra Hoyas, refiriéndose al sitio fósil de Las Hoyas en donde se halló, y emys ("tortuga de agua dulce" en griego).
El nombre de la especie es un homenaje al Dr. Emiliano Jiménez Fuentes.
[1] Cladograma según Pérez-García, Fuente & Ortega, 2012:[1] Dorsetochelys Paracryptodira Plesiochelys Solhofia Santanachelys Thalassemys Xinjiangchelys Kirgizemys Hoyasemys Judithemys Dracochelys Ordosemys Sinemys Cryptodira