La Hoya de Huidobro es una cuenca repartida entre los términos municipales de Huidobro y Villaescusa del Butrón, en Las Merindades (Burgos).
El único núcleo habitado es Huidobro, que en 2013 tenía censadas cinco personas.
La presencia humana en la Hoya se remonta a la Edad del Bronce, y alberga numerosos vestigios, un castro, un eremitorio,[1] varios dólmenes y la iglesia románica de San Clemente (siglo XII) catalogada BIC pero en ruina progresiva.
También la minería tuvo su importancia y aún hoy se pueden ver un pozo de petróleo y una mina de cobre, ambos sin ya explotación.
[2] Desde 2007 la Hoya y su extenso hayedo forman parte del parque natural de las Hoces del Alto Ebro y Rudrón.