Durante la II Guerra Mundial, desde 1942 a 1945, trabajó en el cuerpo de señales del ejército de los Estados Unidos.

Se matriculó en el primer programa de maestría en oceanografía en la Universidad de Rhode Island, estudando con Donald Zinn, entre otros, recibiendo su máster en oceanografía biológica en 1951.

[1]​ En ese mismo año describió la clase de los Cephalocarida, en el trabajo: En el año siguiente comenzó a trabajar como investigador asociado de biología marina en el Marine Biological Lab da la Institución Oceanográfica de Woods Hole, donde permaneció durante toda su carrera, siendo científico asociado en 1958, científico sénior en 1966 y científico emérito en 1986, año en que se jubiló.

[3]​ Recoocido como líder mundial en el estudio de las comunidades bentónicas marinas en aguas poco profundas y de las profundidades del mar, Howard Sanders también fue reconocido por sus investigaciones en biología de la contaminación por aceites.

[1]​ La abreviatura Sanders se usa para reconocer a Howard L. Sanders como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.