El elevado número de pequeños hospitales religiosos que había en España, provocaba que la mayoría de sus rentas se gastaran en la administración de los mismos, lo que dejaba poco caudal para la atención a los enfermos.
Por ello en 1586 el rey Felipe II, instado por las Cortes, ordenó a los obispos que en cada lugar redujeran dichos hospitales en uno o dos.
En 1661 la ciudad le concedió al hospital de la Misericorcia, ya conocido como de San Juan de Dios, el privilegio de tener la única bótica permitida en el Barrio Alto del municipio, privilegio que le fue confirmado en 1757 por real cédula.
El hospital y convento formaban un cuadro perfecto enmarcado por las calles de la Misericordia, Trillo y de los Monteros.
La iglesia, situada en la calle Misercordia y Monteros , era de panta ovalada a excepción de la capilla mayor, que remataba en un cuadro.