[1]​El sitio fue visitado con propósitos arqueológicos por primera vez en 1911 a partir de un reporte generado anteriormente por el antropólogo estadounidense Alfred M. Tozzer que visitó el lugar y lo documentó en 1904-1905, por un equipo de la Universidad de Harvard, conducido por el arqueólogo Raymond Merwin.

[2]​ Sin embargo, el resultado de la expedición que se hizo para el Museo Peabody de Arqueología y Etnología, no se publicó sino veinte años más tarde y subsecuentemente el lugar no fue sujeto a más investigaciones por un largo tiempo.

Holmul, como ciudad maya, inició su existencia hacia el año 800 a. C., y fue abandonada 1100 años después, hacia 900 d. C., en la época del colapso de la civilización maya a fines del periodo clásico.

Holmul alcanzó su apogeo entre los años 750 y el 900 d. C., época durante la cual pudo haber tenido considerable influencia en otras poblaciones de la región del Petén.

Un sitio arqueológico cercano a Holmul, llamado La Sufricaya, contiene murales pintados que sugieren un cierto nivel de influencia foránea en el Dominio de Holmul.