Durante muchísimo tiempo fueron los indios los únicos habitantes de dicha tierra y ellos dieron nombre a los ríos que limitan la región: el Guarey (actual Río Cuareim) al norte y el Arapey al sur.
Insensiblemente el río se convertirá en el principal testigo de la tenaz lucha contra el avance portugués.
En los mapas este territorio era parte del dominio Español, pero en realidad era tierra de nadie.
José Artigas tuvo a su mando una partida volante que actuaba sobre el Cuareim.
Las faenas clandestinas iban en aumento constante y los portugueses se unían a los indios para la matanza de ganados.
Hacía falta un tipo de hombre nuevo, que quisiera poblar y trabajar el territorio.
La lucha por la independencia al aflojar la atención y por ende la protección de este territorio, permitió a los portugueses afirmarse definitivamente sobre el Cuareim.
En 1820 el capitán José de Abreu (portugués) establecerá su campamento fijo en el Paso del Bautista, lugar estratégico.
Como el límite sur de las Misiones era vago, Rivera las entregó, pero se estableció en el Río Cuareim y no en Arapey como querían los brasileños.
Con 8.000 indios guaraníes traídos de las Misiones, Rivera fundó Bella Unión, en la desembocadura del Río Cuareim en 1829.
Los indios guaraníes unidos a los charrúas en 1832, permanecieron en la zona al norte del Arapey, convirtiéndola en escenario de sus correrías.
El presidente Rivera, ordenó a su hermano Bernabé que “solucionara” el problema de los indios.
Blancos y colorados ponen fin a la sangrienta lucha fratricida, con la ilusoria sentencia: “Sin vencidos ni vencedores”.
Viviín aquí 143 hombres, 80 mujeres y 112 niños, que hacían un total de 335 habitantes.
Bella Unión, que había sido repoblada en 1853 era la ciudad más populosa al norte del Arapey.
Mientras Bella Unión contaba con más de 5.000 almas y aspiraba a convertirse en capital del departamento.