Se muda a Thames Ditton en 1853 y visita las Azores en 1842.
Los Vice Condados de Watson han sido ampliamente adoptados por los biólogos.
Esos límites fijados permiten a los biólogos contemporáneos comparar viejos registros de especies.
Watson tuvo activa participación en la Botánica de su época; pero viajando muy poco; para después cultivar fuertes intereses en Frenología y en la Teoría de la Evolución.
En los siguientes años, y mientras su reputación como botánico crecía, empezó a colectar evidencia para defender la idea de la transmutación de las especies; y más tarde Charles Darwin agradeció su deuda a Watson como una fuente.