Ha actuado y grabado con varios conjuntos: Air, Aggregation Orb, Make a Move, Henry Threadgill Sextett de siete integrantes, Society Situation Dance Band de veinte integrantes, Very Very Circus, X-75 y Zooid.

[4]​ En 2023, publicó su autobiografía, escrita con Brent Hayes Edwards: Easy Slip into Another World: A Life in Music.

Después de regresar a Chicago, se unió a los miembros de AACM, el bajista Fred Hopkins y el baterista Steve McCall, en un trío que eventualmente se convertiría en el grupo Air.

Después de una pausa, formó New Air con Pheeroan akLaff, reemplazando a Steve McCall en la batería, y reformó el Henry Threadgill Sextett (con dos t al final).

[1]​ El grupo estaba formado por dos tubas, dos guitarras eléctricas, un trombón o trompa y batería.

Zooid, actualmente un sexteto con tuba (José Dávila), guitarra acústica (Liberty Ellman), violonchelo (Christopher Hoffman), batería (Elliot Kavee) y bajo (Stomu Takeishi), ha sido el vehículo principal para las composiciones de Threadgill en la década de 2000.

Los otros ganadores de 2021 fueron Terri Lyne Carrington, Albert "Tootie" Heath y Phil Schaap.

Sexteto de Henry Threadgill Very Very Circus Make a Move Zooid Ensemble Double Up 14 or 15 Kestra: Agg Conjunto de Henry Threadgill Con Muhal Richard Abrams Con Anthony Braxton Con Chico Freeman Con Roscoe Mitchell Con Frank Walton Con David Murray Con Material / Bill Laswell Con Sly y Robbie / Bill Laswell Con Carlinhos Brown / Bill Laswell Con Leroy Jenkins Con Kip Hanrahan Con Billy Bang Con Sola Con Abiodun Oyewole Con Flute Force Four (Threadgill, Pedro Eustache, Melecio Magdaluyo, James Newton) Con Douglas Ewart Con Jean-Paul Bourelly Con Ejigayehu "Gigi" Shibabaw Con Lucky Peterson Con Dafnis Prieto Con Wadada Leo Smith Con Jack DeJohnette