Durante la Revolución Americana, Lee sirvió como oficial de caballería en el Ejército Continental y se ganó el sobrenombre de "Harry Caballo Ligero".

Su padre era primo hermano de Richard Henry Lee, sexto presidente del Congreso Continental.

Estuvo presente en la rendición de Cornwallis en Yorktown , pero dejó el Ejército poco después debido a una enfermedad.

Entre el 8 y el 13 de abril de 1782, en "Stratford Hall", Lee se casó con su prima segunda, Matilda Ludwell Lee (1764-1790), quien era conocida como "La Divina Matilda".

Un nuevo condado de Virginia recibió su nombre, en su honor, durante su gobierno.

El obrero George Woolslager lideró una revuelta que forzó su entrada en la cárcel y doblegaron a los federalistas en las tres horas siguientes.

Lee sufrió lesiones internas, así como heridas en la cabeza y la cara, e incluso su habla se vio afectada.

Lee más tarde navegó a la Indias Occidentales, en un esfuerzo por recuperarse de sus lesiones.

Lee fue enterrado con honores militares prestados por una flota estadounidense estacionada cerca de Saint Marys.