Se distinguió durante la Intervención estadounidense en México (1846-1848) y actuó como Superintendente en West Point.

Su previsión estratégica fue más cuestionable y sus dos grandes ofensivas contra territorio de la Unión acabaron en derrotas.

Las tácticas agresivas de Lee, que provocaron numerosas bajas entre sus tropas cuando los confederados contaban con menos hombres, han sido criticadas en tiempos recientes.

Para entonces ya había asumido el mando de todos los ejércitos que le quedaban a los confederados y otras fuerzas sureñas se rindieron poco después.

Lee rechazó la propuesta de mantener una insurgencia contra la Unión y llamó a la reconciliación entre ambos bandos.

A los cadetes no se les permitía salir hasta que terminaban dos años de estudios y rara vez se les permitía salir del recinto de la academia.

Durante su permanencia en Fort Monroe, se casa con Mary Anna Custis Lee (1808–1873), pariente de Martha Washington, con quien tiene siete hijos: tres niños y cuatro niñas: George Washington Custis, William H. Fitzhugh, Robert Edward, Mary, Annie, Agnes, y Mildred.

Su hijo George Washington Custis Lee entrará en West Point en ese período, graduándose en 1854 como el primero de su promoción.

Adicionalmente su suegro George Washington Parke Custis murió en 1857, lo que complicó aún más las cosas para él.

Recibe orden del Secretario de guerra (equivalente a Ministro en EE. UU.)

Stuart, que se encontraba casualmente en Washington por negocios, recibe permiso para acompañar a Lee en su misión.

Cuando Brown la rechaza y pide paso franco fuera de la ciudad como condición para liberar a los rehenes, Stuart se lo señala a Lee y Lee envía los marines al asalto de la caseta.

Desde entonces libró grandes batallas entre las cuales sobresalen las de Siete Días, Antietam, Fredericksburg, Chancellorsville, Gettysburg y Cold Harbor.

Dos meses más tarde la guerra finalizó con su rendición al general Ulysses S. Grant en Appomattox.

Lee le da un giro e impone un simple concepto del honor — "Solo hay una regla, y es que todo estudiante es un caballero" — que todavía permanece hoy en la Washington and Lee y otra serie de colegios.

Cuando llamaron a los médicos lo más que pudieron hacer por él fue acostarlo y esperar.

Es casi seguro que Lee sufrió un accidente cerebrovascular (un ataque de ese tipo daña los lóbulos frontales del cerebro, impidiendo el habla).

Su estado se complica al desarrollar una neumonía, una enfermedad secundaria frecuente en estos casos, y muere por ella en la mañana del 12 de octubre de 1870, dos semanas después del ataque.

Esta imagen de Lee como caballero ya era respetada por sus contemporáneos, hasta tal punto que su muerte fue sentida por su rival y presidente Ulysses S. Grant.

En la película de 2005 basada en esta serie, el vehículo es conducido frente a una estatua del General, mientras los ocupantes lo saludan.