Después del cese de su padre por el Ato Institucional Número Cinco (1969), Henrique Eduardo Alves resuelve seguir carrera política e ingresa en el Movimiento Democrático Brasileño (MDB).

Después de la extinción del bipartidarismo en el Gobierno de João Figueiredo, ingresó en el PP en 1980 y allí permaneció hasta que sus integrantes decidieron incorporarse al Partido del Movimiento Democrático Brasileño (PMDB).

Henrique Eduardo Alves fue elegido presidente del directorio provincial, resultando diputado federal en 1982.

Tras su salida del ministerio, fue nombrado ministro de Turismo Alessandro Teixeira, pero tuvo que dimitir a las dos semanas.

Henrique Alves vio envuelto su nombre en la Operación Lava Jato, a partir de la declaración del arrepentido Alberto Youssef, por lo que pasó a ser investigado por el MPF.