Hubert nació y se crio en París, donde estudió en el Lycée Louis-le-Grand.

Ahí recibió la influencia de Abbé Quentin, quien lo inició en el interés por la religión, y específicamente, por las religiones asirias.

Comenzó a estudiar historia de la cristiandad.

Se graduó como historiador en 1895 luego de estudiar la Iglesia ortodoxa, el Imperio bizantino y la iconoclasia.

Su tesis doctoral se enfocaba en El origen de los celtas, y Ensayo sobre el tiempo: un estudio breve sobre la representación del tiempo en la religión y la magia.