Nació en Leens, en la provincia neerlandesa de Groninga.
En 1908 fundó una imprenta y una casa editorial en Groningen.
Reveses financieros obligaron a su cierre en 1923, tras lo cual comenzó de nuevo con un pequeño taller en el ático de un almacén.
Werkman era miembro del grupo de artistas De Ploeg ('El Arado'), para la que imprimió carteles, invitaciones y catálogos.
Sus pinturas y grabados, que la Gestapo había confiscado, se perdieron en el incendio que estalló durante la batalla entre las fuerzas alemanas y canadienses.